Uma das maiores atrações da Ilha Berlenga são os passeios de barco pelas grutas da ilha. O valor ronda os 3€ por pessoa e dão-lhe a possibilidade de visitar famosas rochas com estruturas únicas assim como recantos encantadores.
Entre as mais famosas estruturas poderá encontrar a Rocha da Baleia, a Tromba do Elefante, a Gruta Azul, o Furado Grande (que atravessa a ilha de um lado ao outro, num túnel com 70 metros de comprimento e 20 de altura), a Cova do Sonho e muitas outras.
Esta é uma das atividades mais bonitas a realizar na sua visita a Peniche. Os passeios pelas grutas partem do centro da ilha da Berlenga assim como do Forte de S. João Batista.
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